Sesuai dengan Peraturan Gubernur No 112 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Dinas Peternakan dan Kesehatan Hewan Provinsi Jawa Tengah, struktur organisasi Balai Budidaya dan Pembibitan Ternak Terpadu sebagai berikut :

Susunan Organisasi Balai Budidaya dan Pembibitan Ternak Terpadu terdiri :
- Kepala Balai
- Subbagian Tata Usaha, dipimpin oleh seorang Kepala Subbagian berada dibawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Balai;
- Seksi Prasaran, Sarana dan Pemasaran, dipimpin oleh seorang Kepala Seksi berada dibawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Balai;
- Seksi Pemeliharaan Ternak, dipimpin oleh seorang Kepala Seksi berada dibawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Balai;
- Kelompok Jabatan Fungsional, dipimpin oleh seorang tenaga fungsional senior sebagai ketua kelompok dan bertanggungjawab kepada Kepala Balai
